На базе факультетов летательных аппаратов и двигателей летательных аппаратов основан институт авиации, наземного транспорта и энергетики (ИАНТЭ). Первый директор – Дрегалин А.Ф.
В институте (ИАНТЭ) и на всех факультетах действует многоуровневая система подготовки специалистов, которая включает в себя подготовку специалиста – инженера (5 – 5,5 лет обучения), бакалавриат (4 года) и магистратуру (6 лет).
Открыто представительство университета в городе Альметьевске, которое в 2001 году преобразовано в Альметьевский филиал КГТУ им. А.Н.Туполева.